Μετά την αναχώρησή του από το Φάληρο (της 13:30 μ.μ.) ο Ελληνικός στόλος πλέει με προορισμό τον Μούδρο της Λήμνου. Το λιμάνι αυτό επιλέχθηκε από τον Υποναύαρχο, Παύλο Κουντουριώτη, λόγω της καίριας θέσης του. (Βρισκόταν πολύ κοντά στα Δαρδανέλια.)
Το Σάββατο 6 Οκτωβρίου του 1912,το πρωί, ο Ελληνικός στόλος πλέει έξω από τον Άγιο Ευστράτιο. Εκεί άνδρες του αντιτορπιλικού «Βέλος», το οποίο ως ανιχνευτικό προπορευόταν του «Αβέρωφ» συνάντησαν και συνέλαβαν έναν Τούρκο χωροφύλακα (θεωρήθηκε ως ο πρώτος αιχμάλωτος των Βαλκανικών πολέμων) που έπλεε μέσα σε μια βάρκα με προορισμό τη Λήμνο.
Στις 14:00 το μεσημέρι το «Αβέρωφ» έφθασε στο Κάστρο της Λήμνου. Ο Παύλος Κουντουριώτης διέταξε και του έφεραν στο πλοίο τον Τούρκο Καϊμακάκη (Διοικητή – τοποτηρητή). Εκεί του ζήτησε να παραδώσει το νησί της Λήμνου. Ο Τούρκος Καϊμακάμης του απάντησε ότι αγνοούσε την κήρυξη του πολέμου, προσπαθώντας να κερδίσει χρόνο, ευελπιστώντας σε τουρκική βοήθεια.
Οι Λήμνιοι, μόλις είδαν τον Ελληνικό στόλο έξω από το Κάστρο, άρχισαν να πανηγυρίζουν, μπήκαν σε βάρκες και έσπευσαν να υποδεχτούν το στόλο.
Την 8η Οκτωβρίου 1912, μικρό άγημα του Ελληνικού στόλου, υπό τη διοίκηση του Ταγματάρχη Ιουλιανού Κονταράτου, αποβιβάζεται στο νησί στη θέση Μεγάλα Βράχια κοντά στα Λέρα (σημ. Άγιος Δημήτριος).
Τότε σημειώθηκε η μοναδική προσπάθεια αναχαίτισης των Ελληνικών στρατευμάτων, από τουρκικό τμήμα 50 χωροφυλάκων και 280 οπλισμένων Λεριανών. Μετά από μικρή αψιμαχία διασκορπίστηκαν.
Στις 9 Οκτωβρίου, κάτω από της χαιρετιστήριους κανονιοβολισμούς των Ελληνικών θωρηκτών, υψώνεται στο φρούριο της Μύρινας η Ελληνική σημαία. Ακολούθως και μέχρι το βράδυ δύο λόχοι του 20ου συντάγματος έχουν ολοκληρώσει την κατάληψη της Λήμνου. Ο Μούδρος μετατράπηκε, σε πολεμική βάση και έκτοτε χρησιμοποιήθηκε ως μόνιμο ορμητήριο του Ελληνικού Στόλου της.
Ο Ελλάδα είχε προβλέψει ότι η διαμάχη στο Αιγαίο θα κρινόταν υπέρ εκείνου που θα ήλεγχε τα Στενά. Αν οι Τούρκοι είχαν προβλέψει να οχυρώσουν τη Λήμνο, θα ναυμαχούσαν με πολύ καλύτερες προϋποθέσεις.
Κατά συνέπεια, η απώλεια της Λήμνου στην αρχή των Βαλκανικών πολέμων στοίχισε στους Τούρκους και έδωσε πλεονέκτημα της κινήσεις των Ελληνικών δυνάμεων τόσο στη θάλασσα όσο και στη στεριά.
Κατάληψη του κάστρου στην Μύρινα της Λήμνου (8/10/1912)
Στις 8 Οκτωβρίου (21 Οκτωβρίου) 1912 πεντακόσιοι άνδρες με αρχηγό τον Συνταγματάρχη Κονταράτο κατέλαβε το κάστρο της Λήμνου (Μύρινα). Οι Τούρκοι δεν αντιστάθηκαν σθεναρά. Όλη η επιχείρηση ήταν αναίμακτη.
Στο Κάστρο έγινε επίσημη έπαρση της Ελληνικής σημαίας. Η Τουρκική φρουρά που αριθμούσε περίπου 50 άνδρες παραδόθηκε. Ο Κουντουριώτης «κήρυξε» το νησί ελληνικό.
Η κατάληψη της Λήμνου είχε εξαιρετική σημασία, διότι η Ελλάδα είχε πια τον έλεγχο της εισόδου των Δαρδανελλίων άρα και τον έλεγχο της εισόδου και εξόδου του τουρκικού στόλου στο Αιγαίο.
Πηγή: ΙΣΤΟΡΙΚΗ ΣΥΛΛΟΓΗ ΒΑΛΚΑΝΙΚΩΝ ΠΟΛΕΜΩΝ 1912 – 1913