Στο χώρο που απλώνεται η Άφυτος, φαίνεται από τους προϊστορικούς οικισμούς που επισημάνθηκαν στο σημερινό χωριό, υπήρξε συνεχής εγκατάσταση ανθρώπων από το 3000 π.Χ. περίπου.
Αυτό σχετίζεται και με ολόκληρη τη Χαλκιδική, που μέχρι τα Αρχαϊκά χρόνια έχουμε διακίνηση διάφορων Θρακικών και Πελασγικών φυλών.
Από τον 8ο αιώνα και μετά έχουμε στην περιοχή εγκατάσταση αποίκων από την Εύβοια. Χαλκιδείς και Ερετριείς δημιούργησαν ένα μεγάλο αριθμό από μικρές αποικίες σ’ ολόκληρη την περιοχή της Χαλκιδικής.
Αυτή η μετακίνηση των πληθυσμών κράτησε περίπου μέχρι τον 6ο π.Χ. αιώνα.
Σ’ αυτά τα χρόνια πρέπει να τοποθετήσουμε και την ίδρυση της Αφύτου (Θουκιδίδης 4, 109).
Τα αίτια της ίδρυσης της Αρχαίας πόλης πρέπει να αναζητηθούν στη φυσική οχυρότητα του τόπου, παράγοντας πολύ σημαντικός για την ίδρυση μιας αποικίας.
Ο απόκρημνος βράχος από την πλευρά της θάλασσας θα την προστάτευε από θαλάσσιες επιθέσεις.
Επίσης η μικρή λίμνη που υπήρχε μέχρι το 1963 και βρισκόταν πολύ κοντά στη θάλασσα, θα ήταν ένας μικρός όρμος και ένα μικρό φυσικό λιμάνι κατάλληλο για την προσόρμηση πλοίων.
Την αρχαία πόλη ο Στέφανος ο Βυζάντιος την αναφέρει με τα ονόματα: Αφύτη, Άφυτις, Άφυτος. Η ονομασία Άθυτος που επικράτησε στα νεότερα χρόνια, είναι φαινόμενο γλωσολογικό.
Κατά τον Στέφανο Βυζάντιο το όνομα το πήρε από «από Αφύτου τινός εγχωρίου».
Πολλοί αρχαίοι συγγραφείς τη θεωρούν σπουδαία για το μαντείο του Άμμωνα Δία και το ναό του Διονύσου.
Το Ιερό του Διονύσου, που συνδέεται χρονικά με την εγκατάσταση των Ευβοέων και την ανάπτυξη της Αφύτιος, αναφέρεται για πρώτη φορά από τον Ξενοφώντα στα «Ελληνικά» του.
Το 381 π.Χ. ο βασιλιάς των Λακεδαιμονίων Αγησίπολις πολιορκούσε την Τορώνη. Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας έπαθε σοβαρότατα εγκαύματα και ζήτησε να τον μεταφέρουν στο ιερό του Διονύσου, το οποίο βρισκόταν σε «σκιερά σκηνώματα» και σε περιβάλλον με «λαμπρά και ψυχρά ύδατα».
Εδώ, σύμφωνα πάντα με τον Ξενοφώντα, ο Αγησίπολις ύστερα από μία εβδομάδα πέθανε και αφού τον έβαλαν σε πιθάρι γεμάτο μέλι, τον μετέφεραν στην πατρίδα του για την επίσημη ταφή.
Στη διάρκεια των αρχαϊκών και κλασικών χρόνων η Άφυτις ήταν οικονομικά ευημερούσα πόλη, η οποία έκοβε δικό της νόμισμα που έφερε την κεφαλή του προστάτη της Άμμωνος Διός.
Η οικονομία της φαίνεται ότι στηριζόταν κυρίως στη γεωργία και την αμπελουργία.
Ο Αριστοτέλης αναφέρει τον «γεωργικό νόμο» των Αφυταίων, ο οποίος αποτελεί ένα ιδιαίτερο, μοναδικό και πολύ ενδιαφέρον κεφάλαιο στην ιστορία των αρχαιοελληνικών δημοσιονομικών πραγμάτων.
