Περισσότερα από 400 χρόνια έζησαν κάτω υπό τον τουρκικό ζυγό η Αρναία και οι κάτοικοί της, έως την απελευθέρωσή της στις 2 Νοεμβρίου του 1912.
Μέσα στη γενικότερη αισιοδοξία έπειτα από τις απελευθερώσεις ελληνικών περιοχών στη Δυτική και κεντρική Μακεδονία, παλαιοί και νέοι ντόπιοι Μακεδονομάχοι πολέμησαν και για εκείνη της Χαλκιδικής.
Οι Μακεδονομάχοι -μεταξύ αυτών ο οπλαρχηγός Β. Παπακώστας, ο Γαλανόπουλος, ο Σωτηριάδης, ο Μινόπουλος, ο Ράμναλης, ο Γιαγκλής και ο Αγαπητός Πιτούλας- προσπάθησαν -παρά το ρίσκο ήττας του ελληνικού στρατού- να εκδιώξουν, σταδιακώς, τουρκικές δυνάμειςωαπό χωριά της Βόρειας Χαλκιδικής.
Ωστόσο, οι ενέργειές τους ανησύχησαν μερίδα των κατοίκων της Χαλκιδικής, οι οποίοι έφερναν ζωντανά στο νου τους τα γεγονότα της Καταστροφής της Χαλκιδικής το 1821.
Έτσι, ο επίσκοπος Σωκράτης Σταυρίδης, υπό τον φόβο αντιποίνων από τους Τούρκους, ενημέρωνε την τουρκική κυβέρνηση για την επικρατούσα κατάσταση.
Στις 9 Οκτωβρίου τα ένοπλα ελληνικά σώματα εξουδετέρωσαν τις μικρές τουρκικές
φρουρές στα χωριά γύρω από την Αρναία και κήρυξαν την ενσωμάτωσή τους
στην Ελλάδα, εγκαθιστώντας τοπικές αρχές και πολιτοφυλακή.
Ο αρχηγός Παπακώστας είχε στρατοπεδεύσει, μάλιστα, στο εξωκκλήσι του Προφήτου
Ηλία της Αρναίας, όπου τον επισκέφθηκε ο Επίσκοπος Σωκράτης.
Παράλληλα, στις 11 και 12 Οκτωβρίου οι Τούρκοι ξεκίνησαν να αποχωρούν από την Στρατονίκη, την ίδια στιγμή που τουρκικός στρατός από τον Πολύγυρο και τη Θεσσαλονίκη ξεκίνησε να κατευθύνεται προς Αρναία και Ιερισσό.
Με τόλμη και θάρρος ο Παπακώστας και οι άνδρες του, όμως, έτρεψαν σε φυγή τους Τούρκους, οι οποίοι υποχώρησαν στον Πολύγυρο.
Λίγες ημέρες αργότερα, στις 15 Οκτωβρίου του 1912, η τουρκική χωροφυλακή έφυγε από την Αρναία και κινήθηκε προς τα τουρκοχώρια του κάμπου της Μαραθούσας. Την ίδια στιγμή, στην Αρναία παραδίδονταν οι Τούρκοι χωροφύλακες από την Μεγάλη Παναγιά.
Είχε προηγηθεί μάχη με τα ελληνικά ανταρτικά σώματα με επικεφαλής τον Μακεδονομάχο Ράμναλη στο πανδοχείο του Βασιλείου Αλεξάνδρου.
Η 15η Οκτωβρίου του 1912 κατέστη ιδιαζόντως ιστορική τόσο για την Αρναία όσο και για τα χωριά της Βόρειας Χαλκιδικής, με τους Τούρκους να έχουν αποχωρήσει ενώ ο προελαύνων νικηφόρος ελληνικός στρατός βρισκόταν ακόμη έξω από την Κατερίνη.
Δηλαδή, μεγάλο μέρος της Χαλκιδικής απελευθερώθηκε ήδη πριν την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης και ενώ η στρατιωτική κατάσταση και η έκβασή της ήταν ακόμη ρευστά.
Αξίζει να σημειωθεί πως το τουρκικό απόσπασμα από την Θεσσαλονίκη επιχείρησε να ενωθεί
με άλλο του Πολυγύρου και στις 22 Οκτωβρίου εξαπέλυσε επίθεση κατά της Αρναίας,
αλλά ηττήθηκε κατά κράτος από Έλληνες αντάρτες κοντά στον Άγιο Πρόδρομο
Έπειτα από αυτή την ήττα, την επομένη 23 Οκτωβρίου, οι Τούρκοι έφυγαν από τον Πολύγυρο, στον οποίο εισήλθαν Έλληνες Πρόσκοποι, παλαιοί Μακεδονομάχοι, που γνώριζαν δρόμους και μονοπάτια και βοηθούσαν τον Στρατό στην προέλασή του.
Την ίδια ημέρα ο Στρατός απελευθέρωσε, μετά σκληρή μάχη, τα Γιαννιτσά, συνέχιζε να προελαύνει προς την Θεσσαλονίκη. Στις 24 Οκτωβρίου απελευθερώθηκε η Κασσάνδρα από τον Ιω. Ζάχο και στις 25 και 26 Οκτωβρίου η Βαρβάρα, η Γαλάτιστα, ο Στανός.
Πριν ακόμη εγκατασταθεί η ελληνική κυριαρχία ένας νέος κίνδυνος εμφανίστηκε για τη Χαλκιδική. Αυτός των Βούλγαρων, οι οποίοι κατευθύνονταν σε μεραρχίες προς τη Θεσσαλονίκη, τη Χαλκιδική και το Άγιο Όρος.
Στις 29 Οκτωβρίου 1912 τάγμα της VIIης Μεραρχίας εγκατεστάθη στον Πολύγυρο,
επισημοποιώντας την ελληνική κατοχή με τάγμα Κρητών. Ήταν η 2 Νοεμβρίου,
διοικητής του ελληνικού σώματος ήταν ο Γεώργιος Κολοκοτρώνης, εγγονός του
Γέρου του Μωριά.
Μολονότι η Αρναία ήταν ελεύθερη από τις 15 Οκτωβρίου, η επισημοποίηση της ελευθερίας της έρχεται στις 2 Νοεμβρίου, οπότε και στις 6.30 μ.μ. έφθασε έξω από την Αρναία, στην κατηφορική πλαγιά του Χολομώντα, ο ανθυπολοχαγός Ιω. Αλεξάκης με τους στρατιώτες του, γενόμενος δεκτός με ενθουσιασμό από κλήρο και λαό, τον δάσκαλο Τσολάκη να
διαβάζει ποίημά του, την είσοδο στρατού, λαού και κλήρου στην Αρναία.
Ο ανθυπολοχαγός και μετέπειτα στρατηγός Αλεξάκης, κατευθύνθηκε στην συνέχεια με
τους άνδρες του προς το Παλαιοχώρι, τη Μ. Παναγιά, το Γομάτι. Σκοπός του ήταν η απελευθέρωση του Αγίου Όρους, το οποίο στο μεταξύ είχε απελευθερωθεί. Στην πορεία
του προς την Αρναία, ο Αλεξάκης συναντήθηκε με τον Κολοκοτρώνη που έφθασε
στον Πολύγυρο. Στα γεγονότα της απελευθερώσεως της Αρναίας συμμετείχαν ο
υπολοχαγός Λυμπέρης Καλοπόθος, ο υπολοχαγός Βιδάκης, ο λοχαγός Ζητουνιάτης.
